В промышленной эксплуатации важна стабильность и отказоустойчивость. Запустить приложение через java -jar app.jar крайне опасно. При перезапуске сервера, оно не поднимется, написанное решение не будет работать, заказчик недоволен. Нужно подключаться и срочно все поднимать
Простейший запуск приложения на java выглядит таким образом java -jar my-app.jar и поехали. А если нужно открыть порт для дебагера? А если затюнить параметры для JVM?
Если вируталка одна, можно запомнить/записать пароль. Но когда их становится несколько — ставить одинаковый пароль не секьюрно, записывать и хранить много не очень удобно. Куда более крутой и безопасный способ — авторизация по ssh ключу
